干酪乳杆菌常用于酸乳、豆奶、奶油和干酪等乳制品的发酵剂及辅助发酵剂，尤其在干酪中的应用较多，适应干酪中的高含量盐及低PH值，可增加干酪的香味及促进干酪成熟。具有良好的耐酸及胆盐抗性，有研究表明可降低血液中胆固醇含量。